R與生物資訊

 要往下走之前，得先確定你已經會使用R的一些基本功能，如：

1. 讀檔：e.g. read.table, ...
2. 安裝套件：e.g. install.packages, library, ...
3. 產生序列：e.g. seq, rep, ...
4. 畫圖：e.g. plot, ...
5. 對物件的基本操作：e.g. class, names, dim, length, ...

並瞭解R對資料處理的基本結構，如：

1. vector
2. matrix
3. list
4. data.frame 

也知道如何利用loop (e.g. for)處理批次作業。更重要的是，你應該要知道如何利用help去尋找或瞭解新功能的使用方法。

有了這些基礎後，才能順利進入R在生物資訊上的應用。如果還沒有準備好，或許你可以先看一下：如何開始，然後再繼續往下。

可以參考的書籍如：

R Programming for Bioinformatics
by Robert Gentleman
台大圖書館有電子書
(檢視目錄後，發現其中與生物資訊直接相關的內容並不多)

Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor
edited by Robert Gentleman, et al.
台大圖書館有電子書
(從目錄看來，有不少蠻實用的參考資訊)

Analysis of Phylogenetics and Evolution with R
by Emmanuel Paradis
台大圖書館有電子書

以上為不負責任的推薦(我還沒機會認真看過)

我常使用的分析方法：

1. clustering: hcluster, Mclust, kmeans
2. classification: knn.cv, knn
3. feature selection: t.test
4. visualization: pheatmap 

話說回來，如果你還不太知道什麼是生物資訊，那麼這裡分享的書籍資訊可能對你幫助不大，先去瞭解一下生物資訊是什麼吧!!